La Fundación CNSE audita sus cuentas anuales con un auditor externo registrado en el ROAC así como presenta y deposita dichas cuentas anuales, una vez aprobadas por el Patronato, en la División del Protectorado de Fundaciones del Ministerio de Educación, con total observancia de las obligaciones contables y de rendición de cuentas de las fundaciones en aplicación a la Ley 50/2002, de 26 de diciembre, de Fundaciones.